Luật Bảo vệ môi trường năm 2014 đã được Quốc hội khóa XIII thông qua tại Kỳ họp thứ 7, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2015. Để bảo đảm tính đồng bộ trong việc áp dụng Luật, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các bộ, cơ quan ngang bộ đã ban hành hơn 60 văn bản quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành, trong đó có 11 nghị định, 04 quyết định của Thủ tướng Chính phủ, 48 thông tư (11 thông tư ban hành quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường).
Qua hơn 03 năm triển khai thực hiện, Luật đã bước đầu đi vào thực tiễn cuộc sống, công tác bảo vệ môi trường. đã có những chuyển biến tích cực, nhiều vấn đề môi trường đã được quan tâm giải quyết. Áp lực từ các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội lên môi trường đã dần được kiểm soát tốt hơn; nhiều cơ sở, nguồn gây ô nhiễm, tác động xấu lên môi trường được hạn chế, giảm thiểu. một số quy định của Luật này đã bộc lộ những vướng mắc, bất cập.
Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đạt được, một số quy định của Luật Bảo vệ môi trường năm 2014 cũng đã bộc lộ những vướng mắc, bất cập cần phải được nghiên cứu để sớm đề xuất sửa đổi, bổ sung, kịp thời đáp ứng yêu cầu của thực tiễn. Trong đó, đáng lưu ý là những vướng mắc, bất cập của Luật Bảo vệ môi trường liên quan đến tính đồng bộ, thống nhất của hệ thống pháp luật. Qua rà soát cho thấy, quy định của Luật Bảo vệ môi trường có sự chồng chéo, mâu thuẫn với nhiều luật hiện hành liên quan, trong đó có các luật như Luật Đầu tư, Luật Đầu tư công, Luật Xây dựng, Luật Tài nguyên nước, Luật Khoáng sản. Cụ thể như sau:
1. Sự thiếu thống nhất giữa quy định của Luật Bảo vệ môi trường với các luật
1.1. Luật Đầu tư, Luật Đầu tư công và Luật Xây dựng
Khoản 2 Điều 25 của Luật Bảo vệ môi trường quy định quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường là căn cứ dể cấp có thẩm quyền thực hiện quyết định chủ trương đầu tư dự án trong trường hợp pháp luật quy định dự án phải quyết định chủ trương đầu tư.
Điều 22 của Luật Bảo vệ môi trường quy định các nội dung chính của báo cáo đánh giá tác động môi trường, bao gồm 11 nội dung cơ bản sau đây:
“1. Xuất xứ của dự án, chủ dự án, cơ quan có thẩm quyền phê duyệt dự án; phương pháp đánh giá tác động môi trường.
2. Đánh giá việc lựa chọn công nghệ, hạng mục công trình và các hoạt động của dự án có nguy cơ tác động xấu đến môi trường.
3. Đánh giá hiện trạng môi trường tự nhiên, kinh tế - xã hội nơi thực hiện dự án, vùng lân cận và thuyết minh sự phù hợp của địa điểm lựa chọn thực hiện dự án.
4. Đánh giá, dự báo các nguồn thải và tác động của dự án đến môi trường và sức khỏe cộng đồng.
5. Đánh giá, dự báo, xác định biện pháp quản lý rủi ro của dự án đến môi trường và sức khỏe cộng đồng.
6. Biện pháp xử lý chất thải.
7. Các biện pháp giảm thiểu tác động đến môi trường và sức khỏe cộng đồng.
8. Kết quả tham vấn.
9. Chương trình quản lý và giám sát môi trường.
10. Dự toán kinh phí xây dựng công trình bảo vệ môi trường và thực hiện các biện pháp giảm thiểu tác động môi trường.
11. Phương án tổ chức thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường”.
Theo đó, Báo cáo đánh giá tác động môi trường phải thể hiện đầy đủ, cụ thể và rõ ràng về 11 nội dung nêu trên. Tuy nhiên, trên thực tế, nhiều dự án chưa thể thực hiện được các nội dung này trong giai đoạn nghiên cứu tiền khả thi phục vụ quyết định chủ trương đầu tư, mà chỉ có thể thực hiện được trong giai đoạn báo cáo nghiên cứu khả thi. Đây chính là các vướng mắc đối với dự án đầu tư công.
Trong khi đó, Điều 34 của Luật Đầu tư công quy định 08 nội dung chủ yếu của Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư chương trình đầu tư công thì đối với đánh giá tác động môi trường, khoản 6 Điều này cũng chỉ yêu cầu có “Phân tích, đánh giá sơ bộ những ảnh hưởng, tác động về môi trường, xã hội của chương trình”.  Tương tự, đối với Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án quan trọng quốc gia và dự án nhóm A, Điều 55 của Luật Đầu tư công quy định 13 nội dung, trong đó về đánh giá tác động môi trường, điểm g khoản 2 Điều 35 của Luật này cũng chỉ yêu cầu có “Phân tích, đánh giá sơ bộ tác đông về môi trường, xã hội của dự án”. Thực tế triển khai thực hiện cho thấy, tại thời điểm trình Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư chương trình đầu tư công (Điều 34 của Luật Đầu tư công) và trình phê duyệt Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án quan trọng quốc gia và dự án nhóm A (Điều 35 của Luật Đầu tư công), nhiều dự án chưa thể có đầy đủ căn cứ để lập, trình thẩm định và phê duyệt Báo cáo đánh giá tác động môi trường theo quy định tại khoản 2 Điều 25 của Luật Bảo vệ môi trường.
Cũng liên quan đến vấn đề đánh giá tác động môi trường, Điều 34 và Điều 35 của Luật Đầu tư quy định về hồ sơ, trình tự, thủ tục quyết định của trương đầu tư của Thủ tướng Chính phủ và hồ sơ, trình tự, thủ tục quyết định chủ trương đầu tư của Quốc hội chỉ yêu cầu có “Đánh giá sơ bộ tác động môi trường, các giải pháp bảo vệ môi trường”. Tương tự như quy định của Luật Đầu tư công, tại thời điểm trình Thủ tướng Chính phủ và Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư, nhiều dự án cũng chưa đủ thông tin để lập, trình thẩm định và phê duyệt Báo cáo đánh giá tác động môi trường theo quy định tại khoản 2 Điều 25 của Luật Bảo vệ môi trường.
Bên cạnh đó, quy định tại điểm d khoản 2 Điều 25 Luật Bảo vệ môi trường cũng chưa thống nhất với quy định tại Điều 95 và Điều 98 của Luật Xây dựng. Như đã phân tích ở trên, theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều 25 của Luật Bảo vệ môi trường thì “Quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường  là căn cứ để cấp có thẩm quyền thực hiện các việc sau: Cấp, điều chỉnh giấy phép xây dựng đối với dự án có hạng mục xây dựng công trình thuộc đối tượng phải có giấy phép xây dựng”. Tuy nhiên, theo quy định tại Điều 95 và 98 Luật Xây dựng thì thành phần hồ sơ cấp phép xây dựng không có Quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường.
Như vậy, cùng quy định về thời điểm phê duyệt Báo cáo đánh giá tác động môi trường nhưng Luật Bảo vệ môi trường năm 2014 lại có quy định khác với Luật Đầu tư, Luật Đầu tư công và Luật Xây dựng. Sự chồng chéo, mâu thuẫn này đã phát sinh những vướng mắc trên thực tế, đòi hỏi phải kịp thời xử lý.
1.2. Luật Tài nguyên nước 
Sự thiếu thống nhất giữa quy định của Luật Bảo vệ môi trường và Luật Tài nguyên nước thể hiện ở 03 nội dung sau đây:
Thứ nhất, Luật Tài nguyên nước quy định về giấy phép xả thải vào nguồn nước (là hình thức giấy phép đơn lẻ), trong khi đó Luật Bảo vệ môi trường quy định về Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường (là hình thức giấy phép hợp nhất). Việc tồn tại cả 2 phương thức cấp phép tại hai Luật này đã dẫn đến sự chồng chéo, mâu thuẫn trong nội dung cấp phép, gây phiền hà, phức tạp về mặt thủ tục. Cụ thể, việc xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường tại khoản 2 Điều 27 của Luật Bảo vệ môi trường đã bao gồm kiểm tra, xác nhận hiệu quả xử lý hệ thống xử lý nước thải. Trong khi đó, Điều 38 của Luật Tài nguyên nước cũng quy định về việc lập hồ sơ xin phép xả thải vào nguồn nước của chủ dự án. Hai giấy phép này gần như cùng một nội dung mà doanh nghiệp phải xin 2 giấy phép, gây tốn kém, lãng phí.
Thứ hai, khoản 3 và khoản 4 Điều 101 của Luật bảo vệ môi trường quy định “Chủ quản lý hệ thống xử lý nước thải phải thực hiện quan trắc định kỳ nước thải trước và sau khi xử lý”. Trong khi đó, khoản 3 và khoản 4 Điều 37 của Luật Tài nguyên nước lại quy định “xả nước thải vào nguồn nước phải căn cứ vào tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về chất lượng nước thải, chức năng của nguồn nước, khả năng tiếp nhận nước thải của nguồn nước…”; theo đó, phải quan trắc cả nước trên nguồn tiếp nhận (sông, hồ, rạch).
Thứ ba, việc đánh giá chất lượng nước, đánh giá sức chịu tải của nguồn nước lưu vực sông, khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường các dòng sông, đoạn sông bị ô nhiễm trong Luật Bảo vệ môi trường trùng với nội dung điều tra, đánh giá chất lượng nước, phân vùng chất lượng nước, đánh giá khả năng tiếp nhận nước thải của nguồn nước, phân vùng tiếp nhận nước thải và phục hồi các nguồn nước bị ô nhiễm cạn kiệt trong các Điều 27 và Điều 37 của Luật Tài nguyên nước.
1.3. Luật Khoáng sản
Theo quy định tại khoản 2 Điều 30 của Luật Khoáng sản về bảo vệ môi trường trong hoạt động khoáng sản thì tổ chức, cá nhân hoạt động khoáng sản phải thực hiện các giải pháp, chi phí bảo vệ, cải tạo, phục hồi môi trường phải được xác định trong dự án đầu tư, báo cáo đánh giá tác động môi trường, bản cam kết bảo vệ môi trường được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền phê duyệt.  Tuy nhiên, khoản 2 Điều 106 của Luật Bảo vệ môi trường lại quy định: “Dự án khai thác mỏ, khoáng sản phải có phương án cải tạo, phục hồi môi trường trình cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền phê duyệt trước khi hoạt động và ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường”.
Bên cạnh đó, khoản 2 Điều 74 của Luật Khoáng sản quy định “… Kinh phí thực hiện đề án đóng cửa mỏ khoáng sản được lấy từ tiền ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường của tổ chức, cá nhân được phép khai thác”, trong khi Luật Bảo vệ môi trường không có quy định này.
Ngoài ra, theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều 47, điểm đ khoản 1 Điều 59 và điểm d khoản 1 Điều 70 của Luật khoáng sản có quy định về “Cam kết bảo vệ môi trường”. Tuy nhiên, trong Luật Bảo vệ môi trường không còn khái niệm cam kết bảo vệ môi trường mà đã được thay thế bằng khái niệm Kế hoạch bảo vệ môi trường.
2. Một số kiến nghị, đề xuất
Những chồng chéo, mâu thuẫn giữa quy định của Luật Bảo vệ môi trường với các luật nêu trên đã ảnh hưởng đến tính thống nhất, đồng bộ của hệ thống pháp luật, đặc biệt đã gây khó khăn, vướng mắc trong quá trình áp dụng pháp luật trên thực tế. Do vậy, cần sớm đề xuất sửa đổi, bổ sung quy định của Luật Bảo vệ môi trường và các quy định của các luật hiện hành liên quan nhằm bảo đảm tính đồng bộ, thống nhất của hệ thống pháp luật, kịp thời tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc trong thực tiễn.
Thứ nhất, nghiên cứu, sửa đổi quy định của Luật Bảo vệ môi trường theo hướng quy định việc đánh giá tác động môi trường sơ bộ được thực hiện trước khi phê duyệt chủ trương đầu tư hoặc báo cáo nghiên cứu tiền khả thi của dự án.
Thứ hai, cần nghiên cứu để bổ sung quy định cụ thể về giấy phép môi trường vào Chương VII của Luật Bảo vệ môi trường, bao gồm các quy định về vai trò, vị trí của giấy phép môi trường (là công cụ quản lý môi trường thống nhất đối với cơ sở khi đã đi vào giai đoạn hoạt động; là căn cứ để các cơ sở thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường và để các cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm - thay cho việc kiểm tra căn cứ vào báo cáo đánh giá tác động môi trường như hiện nay); nội dung của giấy phép môi trường (quy định phù hợp với đặc thù đối với từng loại ngành, nghề khác nhau, nhóm đối tượng có rủi ro môi trường khác nhau); lập, phê duyệt và thực hiện giấy phép môi trường. Các quy định này sẽ thay thế toàn bộ các nội dung về giấy phép, thủ tục về môi trường đối với cơ sở trong giai đoạn hoạt động đang được quy định tại Luật Bảo vệ môi trường, các Luật khác và văn bản hướng dẫn khác nhau.
Đồng thời, đề nghị bỏ quy định tại khoản 3, 4 và sửa đổi khoản 6 Điều 37 của Luật Tài nguyên nước thành “việc cấp giấy phép xả nước thải vào nguồn nước được thực hiện theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường”; sửa đổi, bổ sung điểm e khoản 2 Điều 12, Điều 37 Luật Tài nguyên nước theo hướng việc xác định khả năng tiếp nhận nước thải của nguồn nước được thực hiện theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường; sửa đổi, bổ sung khoản 1, khoản 2, khoản 4 Điều 27 của Luật Tài nguyên nước theo hướng ứng phó, khắc phục sự cố ô nhiễm nguồn nước và phục hồi nguồn nước bị ô nhiễm theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường.
Thứ ba, rà soát, thay cụm từ “Cam kết bảo vệ môi trường” thành “Kế hoạch bảo vệ môi trường” trong các điều, khoản, điểm liên quan của Luật Khoáng sản để phù hợp với Luật Bảo vệ môi trường.